Ao iniciar suas tarefas, o médico auditor deverá identificar-se perante a direção do hospital, conduzir-se de uma maneira cordial e respeitosa com todo o pessoal técnico, administrativo, de enfermagem e médicos, exercendo suas funções de maneira discreta, não fazendo em qualquer hipótese, críticas em público, ainda que em certas circunstâncias os aspectos de controle, a seu ver, apresentem condições insatisfatórias. Suas apreciações e comentários deverão constar somente em relatórios que poderão ser encaminhados, se for o caso, a diretoria clínica do hospital cujas contas hospitalares estejam sendo auditadas e ou direção médica da empresa para qual esteja trabalhando.
Tal sistema passou a ser composto pelas Medicinas de Grupo, pela Cooperativas Médicas, pelas Seguradoras de Saúde e por último, pelas Auto-Gestões de Assistência Médica em empresas públicas e privadas.
Esse Sistema Supletivo, nasceu através de uma abertura na Lei que criou a Previdência Social, em que se permitia ao empregador optar por repassar parte do desconto devido à Previdência para empresas privadas de Assistência Médica.
O crescimento desse Sistema Supletivo, deveu-se à ineficiência da Previdência em gerir a Assistência Médica Pública.
Na década Seguinte, a década de 70, tivemos o aparecimento da necessidade de um Sistema de Controle e avaliação da Assistência Médica, tanto por parte do INPS, quanto por parte de Sistema Supletivo. Essa necessidade deveu-se ao fato de que começaram a surgir fraudes criminosas e outros desvios graves, como a evasão de recursos financeiros, tanto no Sistema Público quanto no Supletivo. Essas fraudes e desvios estão sendo amplamente divulgados por toda a mídia.
Assim, em 1976, o Ministério da Previdência sistematizou a avaliação dos serviços médicos prestados, através da auditagem médica e administrativa das contas a serem pagas. O sistema Supletivo também trilhou o mesmo caminho, e na década de 80 tivemos a Consolidação da Auditoria Médica como uma atividade necessária a todas as modalidades de assistência.
Passou-se a ter na Auditoria Médica, o mecanismo de controle da qualidade da assistência prestada, ao par do papel de controle financeiro dos Sistemas.
Nos dias de hoje, compete à Auditoria Médica a difícil tarefa de manter equilibrada a relação custo/benefício na assistência médica, ou em outras palavras, tentar oferecer uma assistência médica de boa qualidade dentro de um custo compatível com os recursos financeiros disponíveis. Países que não agiram assim, como os Estados Unidos da América do Norte, chegaram aos anos 90 com uma prestação de assistência médica altamente criticada pela população daquele país, com um gasto equivalente a 13% do seu P.I.B. Em nosso País, ainda que consigamos vir a ter mecanismos de controle e avaliação satisfatórios, pouco há que se fazer com investimentos da ordem de 2 a 3% do P.I.B. brasileiro em saúde.
Como não poderia deixar de ser, em qualquer atividade que envolva recursos financeiros e inter-relações humanas, surgiram conflitos na execução da auditoria médica. Os interesse dos sistemas, dos médicos prestadores de serviços, dos médicos auditores, principalmente, dos pacientes são frequentemente conflitantes. Além desse conflito de interesses, a auditoria tem que ser exercida à luz da ética médica, já que o exercício profissional está em jogo e auditores e auditados são médicos.